Danilo Prefumo schloss 1977 sein Studium der Musikgeschichte ab, setzte aber seine musikalischen Studien fort. Während über 15 Jahren war er Mitarbeiter von Radiotre und seit 1978 arbeitet er regelmässig mit der RSI zusammen.
Seine Artikel wurden in einigen der wichtigsten italienischen Musikzeitschriften publiziert. Beiträge zur italienischen Instrumentalmusik des 18. und 19. Jahrhunderts und insbesondere zu Paganini erschienen in Il Fronimo, Chigiana, in der Rivista Musicale Italiana, der Rivista Italiana di Musicologia und in den Quaderni dell’Istituto di Studi Paganiniani.
Danilo Prefumo ist ausserdem Autor der Bücher Le Opere di Paganini (mit Alberto Cantù, 1982), Invito all’ascolto di Franz Schubert (1992), Sammartini. Primo maestro della sinfonia (mit Luigi Inzaghi, 1996), Niccolò Paganini (2006), La sinfonia degli inganni (2008), I fratelli Sammartini. Due musicisti milanesi nell'Europa del Settecento (2015). Als Romanschriftsteller veröffentlichte er L'elemento separatore (2018).
Seit 2008 ist er Mitglied des künstlerischen Komitees des internationalen Violinwettbewerbs „Premio Paganini“.